Les emprunts obligataires de la CCL sont cautionnés par la Confédération. La base légale de ces cautionnements se trouve dans la loi sur le logement de 2003. Les Chambres fédérales votent périodiquement un crédit-cadre pour le cautionnement. A chaque émission, le contrat de cautionnement nécessaire à cet effet doit être autorisé par le département compétent.
Seul ce cautionnement permet à la CCL de soutenir des maîtres d'ouvrage d'utilité publique en leur accordant des prêts hypothécaires à long terme et à taux d'intérêt avantageux. Depuis 2003, le Parlement a déjà approuvé trois crédits-cadres pour und total de 5 milliards de francs. Durant cette période, il n'a jamais fallu recourir à un cautionnement. Mis à part le Fonds de roulement (pour les financements d'aide au démarrage), le cautionnement CCL est le principal instrument du programme fédéral de promotion du logement.